A Comunidade Missão Maria de Nazaré nasceu no Grupo de Jovens Maria de Nazaré, na paróquia de Santo Antônio, em Divinópolis.
Em dezembro de 2003 Eduardo Rivelly e Carla Fonseca, ainda namorados, foram eleitos coordenadores do Grupo de Jovens. No início de 2004 propuseram um retiro espiritual com todos os jovens que compunham o grupo de perseverança do Grupo de Jovens. Esse retiro ocorreu no Centro de Artes e Ofícios, em Divinópolis, no qual foram abordados vários temas: vocação, carisma, missão etc. Essa proposta aconteceu pois Eduardo já, há muito tempo, sentia que Deus tinha algo além do grupo para eles.
Muitos desses jovens experimentavam, assim como os coordenadores, desse chamado a algo mais. Ao final desse retiro alguns jovens começaram o primeiro caminho vocacional para a Comunidade Missão Maria de Nazaré. No decorrer de um ano foram feitas propostas e reflexões sobre vida comunitária e missionária.
No dia 11 de fevereiro de 2005, aprovada por Dom José Belvino, surgia então a Comunidade Católica Missão Maria de Nazaré, com cerca de dez jovens sedentos em fazer a vontade de Deus.
Em dezembro de 2017, era aberta a Casa de Missão na cidade de Uruaçu/GO e em dezembro de 2018 era aberta a Casa de Missão de São Luís/MA.
Em 2021 iniciaram as atividades do Colégio Magnificat em Divinópolis/MG e em São Luís/MA.
Em dezembro de 2021 a casa de Uruaçu foi transferida para a cidade de Rialma/GO, também na Diocese de Uruaçu.