A Comunidade Missão Maria de Nazaré nasceu no Grupo de Jovens Maria de Nazaré, na paróquia de Santo Antônio, em Divinópolis-MG.
Em dezembro de 2003, Eduardo Rivelly e Carla Fonseca, ainda namorados, foram eleitos coordenadores do Grupo de Jovens. No início de 2004 propuseram um retiro espiritual com todos os jovens que compunham o grupo de perseverança do Grupo de Jovens. Esse retiro ocorreu no Centro de Artes e Ofícios, em Divinópolis, no qual foram abordados vários temas: vocação, carisma, missão, etc. Essa proposta aconteceu pois Eduardo já, há muito tempo, sentia que Deus tinha algo além do grupo para eles.
Muitos desses jovens experimentavam, assim como os coordenadores, desse chamado a algo mais. Ao final desse retiro alguns jovens começaram o primeiro caminho vocacional para a Comunidade Missão Maria de Nazaré. No decorrer de um ano foram feitas propostas e reflexões sobre vida comunitária e missionária.
No dia 11 de fevereiro de 2005, aprovada por Dom José Belvino, surgia então a Comunidade Católica Missão Maria de Nazaré, com cerca de dez jovens sedentos em fazer a vontade de Deus.
Em dezembro de 2017, era aberta a Casa de Missão na cidade de Uruaçu/GO e em dezembro de 2018 era aberta a Casa de Missão de São Luís/MA.
Em 2021 iniciaram as atividades do Colégio Magnificat em Divinópolis/MG e em São Luís/MA.
Em dezembro de 2021 a casa de Uruaçu foi transferida para a cidade de Rialma/GO, também na Diocese de Uruaçu. E, em 2022 iniciaram as atividades do Colégio Magnificat na cidade.